Bien qu'elle n'en soit pas la capitale officielle (qui est Porto-Novo, établie par la Constitution et siège du pouvoir législatif), Cotonou est la première ville du Bénin, avec une population de 761 137 habitants en 2006. Elle s'étend sur des terrains qui avaient été cédés à la France par le souverain de Porto-Novo en 1868. Son essor est lié à celui des activités portuaires : au wharf construit en 1891 et devenu très insuffisant a succédé un port moderne établi de 1959 à 1965.
La ville a grandi sur le large cordon littoral derrière lequel s'est formé le lac Nokoué, qu'alimente un bras de l'Ouémé, et qui communique avec l'océan par un chenal coupant l'agglomération en deux parties. À l'ouest, le quartier commercial et administratif s'allonge en bordure de l'Atlantique : zone ancienne où survit le style colonial classique, lotissements résidentiels plus modernes où s'élèvent des villas entourées de verdure, très bel ensemble des « Cocotiers » près de l'aéroport. Entre ces quartiers et le lac s'étale la ville « africaine », bâtie selon un plan en grille presque parfait. À l'est de la passe, franchie par un pont mixte étroit, la route et la voie ferrée de Porto-Novo séparent une zone industrielle et un quartier résidentiel traditionnel, Akpakpa, dont la croissance est rapide.
De vastes franges urbaines se sont constituées autour des villages de la banlieue, par occupation sans titre de terrains, en dépit des avertissements officiels et des menaces permanentes d'expulsion. Le paysage se ressent de cette précarité : sous le couvert d'une dense végétation arborée où dominent les cocotiers s'entassent des cases en matériau végétal d'aspect assez pauvre, entourées de palissades fragiles, et l'équipement urbain y reste encore très sommaire.
Les fonctions administratives majeures, naguère concentrées à Porto-Novo, sont presque entièrement exercées par Cotonou, où résident le président et la plupart des ministres, et où se sont installées aussi les ambassades. Une université a été fondée en 1970 (Abomey-Calavi, à 15 km). Les activités de type primaire jouent encore un rôle important : pêche artisanale sur le lac Nokoué surtout, pêche industrielle en mer par une petite flottille de chalutiers, culture du maïs, du manioc et élevage de bovins sous les palmiers dans la banlieue immédiate. Cotonou abrite les deux tiers des industries du pays. Des maisons de commerce anciennes assurent l'importation des produits finis et l'expédition des denrées agricoles venant de l'intérieur du pays (oléagineux surtout), mais aussi du Niger, dont une partie des échanges passe, grâce à la route et à la voie ferrée exploitée en commun, par le port. Cotonou est aussi un centre de redistribution pour une zone qui dépasse largement les frontières : le marché de Dantokpa est fréquenté par des commerçants béninois, mais aussi nigérians, togolais et même ivoiriens.
